El 2 de octubre se produjo un incidente que marcaría la vida militar del Queen Mary, cuando en una misión en la que precisaba de un barco guía, el Curacoa, las velocidades de ambos no coincidieron y tras un fuerte choque entre embarcaciones, la auxiliar fue hundida en cuestión de segundos, lo que no permitió salvar más que a un cuarto de los tripulantes de la misma.
No obstante, el Queen Mary siguió firme en su travesía y pudo completar la misión asignada, y aunque luego enfrentó un juicio por parte de las fuerzas armadas, la justicia dictaminó que en el hecho habían incidido negativamente los capitanes de ambas embarcaciones. Una vez finalizada la guerra, pasaría a cumplir otra interesante función.
El Queen Mary se encargaría entonces del transporte de novias y esposas de marinos estadounidenses y canadienses desde Inglaterra a sus países, algo que cumplió durante casi un año, antes de ser retirado para su refacción final, que lo devolvería a ser la embarcación turística como la que había nacido. El 27 de septiembre de 1946 sería entregado a sus dueños tras cumplir honrosamente con su misión militar.
Entre las reformas que sufriría entonces para volver al sector turístico, hay que destacar las nuevas turbinas, sistemas nuevos de navegación y aire acondicionado, toda una novedad para la época. Sin embargo, la gente comenzaba a preferir el transporte aéreo y ya surgían nuevas naves que superaban en velocidad al Queen Mary, como el United States. La nave fue vendida la ciudad de Long Beach, en California por £1.230.000, donde hoy es utilizada como hotel de lujo.